Противостоять поглощению вызавается монах из Шаолинь Лю Кан, под предводительством которого воины в предыдущей Смертельной битве выиграли сражение. Однако на этот раз Лю Кан оказывается в более сложных обстоятельствах, так как одного, если не самого лучшего, из его воинов по имени Соня Блейд захватила в плен в плен армия Императора Внешнего мира. Ситуация осложнена и тем, что на этот раз нет единой армии добра – силы разделились и против войск Шао Кан бойцы борются по отдельности. Но пока живы Лю Кан и Соня Блейд, а также их сторонники, надежда на победу остается до последнего. От того, что развернулось во Вьетнаме в далеком 1969 году, многие, отправленные туда солдаты, теряли рассудок и начинали сходить с ума. Эндрю Скотт — сержант и командир своего батальона, не смог остаться при своей голове и шокированный от увиденного, начал убивать всех подряд, включая невинных граждан и своих собственных солдат. Но рядовой солдат Люк Деверо решил противостоять, во что бы то не стало, своему обезумевшему командиру, защищая своих братьев и невиновных жителей Люк погиб, убив своего командира, что положило начало их истории.
Ученые США, занимавшиеся секретным проектом по созданию «идеального солдата», использовали тела погибших для своих опытов.
