Действия в фильме происходят спустя двадцать лет после последних событий под сенью матрицы. Нео живет обычной жизнью, посещая психотерапевта, прописывающего мужчине синие таблетки. Том должен был вернуться домой, выпив красную таблетку, однако виртуальная реальность оказалась намного опаснее, чем можно было представить. Герой встречает Тринити, но не помнит о личности женщины. Воспоминания отрывками посещают Томаса, но встреча с давней подругой становится большим шагом к прояснению моментов прошлого. Мужчина начинает понимать, что у него постоянно были ощущения дежавю. Все казалось знакомым, но непонятно откуда. Теперь, когда Нео вспомнил забытые им опасные приключения, мистер спасатель человечества решает разгадать тайну матрицы, сокрушив ее навсегда. Персонаж понял, что память ему стерли ради его же благополучия. Старая команда отправляется за новыми приключениями. Спасение целого человечества в руках героической пары, тесно сплетенной страстными чувствами, множеством интригующих, острых жизненных моментов.
